| term | pronunciation | English |
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| 石 | いし | stone |
| 石橋 | いしばし | stone bridge |
| 石川 | いしかわ | Ishikawa: a Japanese surname |
| 宝石 | ほうせき | jewel, gem |
| 小石 | こいし | pebble |
| 石油 | せきゆ | petroleum, oil |
| 化石 | かせき | a fossil |
| 岩石 | がんせき | rocks and stones |
| 流石 | さすが | clever, adept, good, expectations |
| 石炭 | せきたん | coal |
| 石鹸 | せっけん | soap |
| 磁石 | じしゃく | magnet |
| 一石二鳥 | いっせきにちょう | killing two birds with one stone |
| 割り栗石 | わりぐりいし | crushed rock, macadam |
| 化粧石鹸 | けしょうせっけん | toilet soap |
| 土石 | どせき | earth and stones |
| 墓石 | ぼせき, はかいし | tombstone, gravestone |
| 孔雀石 | くじゃくせき | malachite |
| 岩石圏 | がんせきけん | lithosphere |
| 布石 | ふせき | strategic arrangement of go stones, preparation |
| 懐石料理 | かいせきりょうり | tea-ceremony dishes; traditional Japanese meal brought in courses |
| 捨て石 | すていし | (in the game of go) a sacrificed stone, ornamental garden stone |
| 明石潟 | あかしがた | akashigata camelia, Camellia japonica var. |
| 本石楠花 | ほんしゃくなげ, ホンシャクナゲ | Rhododendron metternichii |
| 東石楠花 | あずましゃくなげ, アズマシャクナゲ | Azuma rhododendron, Rhododendron metternichii var. |
| 玄昌石 | げんしょうせき | type of slate (from Miyagi pref.) |
| 生石灰 | せいせっかい | quick lime |
| 白山石楠花 | はくさんしゃくなげ, ハクサンシャクナゲ | Hakusan rhododendron, Rhododendron metternichii var. |
| 石に漱ぎ流れに枕す | いしにくちすすぎながれにまくらす | refusing to admit being wrong and adhering to the far-fetched argument |
| 石亭 | せきてい | The Sekitei (name of an inn) |
| 石仏 | せきぶつ, いしぼとけ | stone Buddhist image |
| 石垣 | いしがき | stone wall |
| 石塀 | いしべい | stone wall |
| 石棺 | せっかん, せきかん | sarcophagus, stone coffin |
| 石楠花 | しゃくなげ | rhododendron, Rhododendron metternichii |
| 石灰 | せっかい, いしばい | lime, quicklime, caustic lime |
| 石灰岩 | せっかいがん | limestone |
| 石畳 | いしだたみ | stone paving |
| 石碑 | せきひ | stone monument |
| 石神 | しゃくじん, いしがみ | stone which is worshipped, image of a god in stone |
| 石蕗 | つわぶき | Japanese silver leaf, Farfugium japonicum |
| 砕石 | さいせき | broken stone, rubble |
| 硝石 | しょうせき | saltpeter |
| 碁石 | ごいし | Go piece(s), Go stone(s) |
| 礎石 | そせき | foundation stone, cornerstone |
| 筑紫石楠花 | つくししゃくなげ, ツクシシャクナゲ | Tsukushi rhododendron, Rhododendron metternichii var. |
| 胆石 | たんせき | gallstones |
| 舗石 | ほせき | paving stone |
| 試金石 | しきんせき | touchstone, test case |
| 輝石 | きせき | pyroxene, augite |
| 金剛石 | こんごうせき | diamond |
| 鉱石 | こうせき | ore, mineral, crystal |
| 鐘乳石 | しょうにゅうせき | stalactite |